紅黴素軟膏治療龜頭炎往往用於革蘭氏陽性球菌造成的包皮龜頭炎，而對於其他類型如黴菌、滴蟲、衣原體、支原體引起的包皮龜頭炎效果並不好，因此紅黴素治療龜頭炎有一定侷限性。而對於其他類型的包皮龜頭炎，如黴菌性的，常選用口服曲古黴素或伊曲康唑，滴蟲性包皮龜頭炎一般應用甲硝唑。外用藥物當中細菌感染引起的包皮龜頭炎可以用硼酸水、雷夫諾爾溶液，念珠菌性的包皮龜頭炎可用碳酸氫鈉溶液清洗患部或用咪唑類軟膏，而滴蟲性的龜頭炎往往可選用乳酸溶液、醋酸溶液或者甘草酸鹼溶液。