慢性前列腺炎的臨床症狀千變萬化，往往不具有特異性，診斷也比較麻煩。慢性前列腺炎的診斷，必須靠必要的物理診斷和實驗室檢查，主要包括：
第一、前列腺直腸指診，前列腺觸診檢查對前列腺炎以及前列腺其他疾病進行臨床診斷是重要的手段之一，可以獲取準確診斷和指導臨床用藥不可缺少的重要信息；
第二、前列腺液常規檢查，慢性前列腺炎患者前列腺液的細胞學檢查，是實驗室診斷的常用方法，主要通過檢查卵磷脂小體、紅細胞、白細胞或者膿細胞的數量，來判斷前列腺是否發生炎症及其嚴重程度；
第三、前列腺液病原體的定位培養與藥物敏感試驗，準確的細菌培養與藥物敏感試驗的結果，是直接影響臨床治療效果的重要因素之一，是臨床醫生選擇抗菌藥物的重要依據。
此外，對於一些特殊類型和不典型的慢性前列腺炎患者的診斷，可以對排尿情況、尿流動力學、精液分析、前列腺液免疫功能和微量元素進行分析，通過B超以及造影、內窺鏡、CT、磁共振掃描等檢查，來獲取診斷信息。