包皮環切術通常用於治療包莖和包皮過長，新生兒、嬰幼兒的包莖是一種正常的生理現象，無需行包皮環切術。3-4歲時隨著陰莖生長發育以及勃起，包皮可以自行向上退縮，顯露陰莖頭，約90%包莖可以自愈。
對於這期間的包莖，可以行包皮擴張術，通常在七歲以前包皮都比較長，可以覆蓋陰莖頭或尿道外口，到了13歲時包皮和龜頭會自行分離。因此，對於嚴重的包皮狹窄，通常可以在七歲以後行包皮環切術，而青春期之後的包皮過長或者包莖，如果存在反覆感染，以及包皮口狹窄、攣縮，甚至成人影響性生活，形成嵌頓，均可以行包皮環切術。