對於非淋菌性尿道炎的患者，首先應該是取一部分尿道分泌物進行病原體檢查，同時做藥敏試驗，可以發現是由於何種病原體導致的尿道炎，同時可以發現何種藥物對於該種病原體治療較為敏感。通常導致非淋性尿道炎的病原體是人型支原體和解脲支原體。治療上，通常以四環素類抗生素以及大環內酯類抗生素為主。通常治療時間不短於2周。在停止治療1周後複查尿道分泌物的支原體培養。