兩性畸形的治療主要是確定性別，避免孩子發生心理異常，一般在三歲前應確定孩子的性別，通過染色體，外生殖器的外形，內生殖器的結構，以及性腺的功能來決定孩子選擇哪種性別，進行手術治療。