功能性尿路梗阻是指整個泌尿系統無器質性病變，也無尿路結石的情況，但就是出現了尿液滯留，不能排出的情況。比如患兒先天性脊髓發育不良導致神經功能異常，膀胱逼尿肌無法正常收縮，使膀胱尿液瀦留，這屬於膀胱出口障礙引起的尿路梗阻；還有先天性巨輸尿管也屬於功能性尿路梗阻。在治療上來說，這一類的尿路梗阻比器質性尿路梗阻複雜困難的多。