女性尿道炎發作的時候可以採用短程的抗菌藥物進行治療，一線的治療方案包括磷黴素、氨丁三醇、呋喃妥因、喹諾酮類的抗生素，如氧氟沙星，或者二代、三代頭孢，大多數患者通過3-5日的治療，通常症狀可以緩解，尿常規可以轉陰。同時也可以選擇針對症狀的藥物進行治療，增加飲水量，注意休息，可以採用改善症狀藥物，如M受體阻滯劑或者抗膽鹼能類藥物來緩解膀胱疼痛、痙攣，甚至可以採用非甾體止疼藥進行治療。
通常對於反覆發作的尿道炎，可以根據藥敏結果來選擇適宜的抗生素來進行使用，甚至可以針對泌尿系統的原發病進行治療。