陰莖水腫的常見原因，可以是泌尿系統的問題，也可以是非泌尿系統的問題。陰莖水腫常見的有炎症性水腫，見於感染、淋巴迴流障礙性水腫、絲蟲病等。靜脈迴流障礙性水腫，見於靜脈曲張、血栓靜脈炎等血管神經性水腫、神經源性水腫和局部黏液性水腫。
最常見的水腫原因是感染或包皮手術後的水腫，感染性的水腫還是應當以抗感染為主，並酌情加用外部清洗的藥物，需要根據病原微生物的不同而選擇不同的藥物來處理。包皮術後的水腫原因是創傷滲出以及血管淋巴迴流障礙造成，一般在2周內可自行消退。
多數患者可持續3個月以上，這是與患者過早的進行性生活、迴流障礙尚未恢復以及局部刺激等因素相關，因此隨著時間的延長，也會逐步恢復。對於其他原因引起的水腫，首先是處理其他病因，當病因去除以後，水腫會很快就會消退。