肚子兩邊痛最常見的就是腸道的疾病，腸道疾病包括功能性疾病和器質性疾病。功能性疾病就是做腸鏡並沒有發現具體的病變，而是腸道蠕動的增強，或者腸道的高敏感所引起的腹部疼痛。如果進食不當、食物不耐受，或者因為腸道蠕動的亢進，比如著急、緊張時引起來的腹痛，也就是我們所說的腸易激綜合徵都可能導致這樣的表現。但是腸易激綜合徵除腹痛以外可能還伴有大便的異常，腹瀉以後或者便秘排便以後腹痛都能比較快的緩解。
腸道器質性的疾病包括潰瘍性結腸炎、克羅恩病，往往都伴有腹痛和大便的異常。潰瘍性結腸炎除腹痛以外，還可能會出現黏液血便。克羅恩病同樣可以出現腹瀉，但往往會引起人生長發育尤其是兒童的異常。