嬰兒房間隔缺損面積較小者在4歲以內有15%的自然閉合率。缺損面積較大時心臟血液分流量大，會導致肺循環血流量增加、體循環血流量不足，表現為身高體重增加緩慢、面色蒼白、反覆呼吸道感染。因為房間隔缺損在成年後容易發生心力衰竭和肺動脈高壓，如果4歲以後缺損未閉合，應及時選擇手術修補。另外部分兒童年齡大於兩歲，缺損面積大，如缺損邊緣至上下腔靜脈的話，應及早介入或手術治療。