卵圓孔未閉是一種先天性的心臟結構異常，是指胚胎時期就存在的心臟血管結構。嬰兒出生以後應當閉而未閉合形成的畸形，實際上是發育的異常。卵圓孔一般形成在胚胎髮育的第6-7周，卵圓孔的胎兒時期左右心房之間是一個血液的通道，來自母親的臍靜脈血通過此通道從右房進入左心房，進而進入胎兒的左心腔，然後流向全身為胎兒提供營養。
在胚胎的發育過程中心房之間先後形成了兩個間隔，先發生的間隔為原隔稱第一隔，後出現的隔為繼發隔稱第二隔，兩個間隔之間逐漸融合形成兩個心房。繼發隔不繼續生長中途停止，與原發隔之間未能融合留下一個小的裂隙，就稱為卵圓孔。新生兒出生之後隨著孩子的第一聲啼哭，左心房的壓力升高，使左側的原發孔緊貼在右側的繼發隔上，左心房的血液斷絕形成功能性的關閉，之後逐漸形成永久性的閉合。大多數的卵圓孔孩子在生後兩個月左右就關閉了，一年內可以徹底關閉也就是長在一起。