大動脈錯位的手術併發症很多，手術成功率較低，在成功的手術患者中紫紺消失，心功能恢復，肺動脈高壓降低，主動脈騎跨解除。至於低心排出量綜合症，腎功能不全，術後出血，毛細血管滲漏綜合症，左心室流出道梗阻，右心室流出道梗阻等都是手術中或者手術後的併發症，要麼克服了併發症患者活了下來，要麼術後一段時間內死亡。所有手術成功者，術後恢復好，發育良好，沒有後遺症。