在臨床上，很多發生在肺門部位的腫瘤不能夠進行根治性手術切除，患者的肺門腫瘤是否可以進行手術，需要請胸外科進行會診和評估。因為在肺門的部位存在心臟和大血管，如果進行手術治療，就可能會對心臟和大血管造成損傷，從而威脅到病人的生命。
有的時候，發生在肺門部位的惡性腫瘤，可以先進行全身化療和局部的放療，使肺門部位的腫瘤縮小。有一部分病人還可能有手術治療的機會。還有一部分肺門腫瘤，比如小細胞肺癌的病人，一般並不需要進行手術的治療，主要是通過全身化療，聯合局部放射治療的手段，來控制病情的發展。