在臨床上，對於肺鱗癌的靶向治療藥物目前大多數處在臨床研究當中，並沒有應用到病人的治療中。臨床上也很少存在專門針對肺鱗癌的靶向治療藥物，因為在研究中並沒有發現肺鱗癌的特異性驅動基因，所以很少有肺鱗癌的病人能夠從靶向治療藥物中獲益，晚期肺鱗癌的治療仍然是停滯在化療階段。
隨著免疫治療時代的到來，免疫治療藥物延長了晚期肺鱗癌病人的生存期，只是對晚期的肺鱗癌病人，可以使用第二代的小分子酪氨酸激酶抑制劑阿法替尼進行靶向治療，也能夠取得一定的治療效果。