肺動脈栓塞的急性期，患者要充分臥床休息，積極吸氧以改善乏氧症狀。部分肺動脈栓塞的患者下肢還存在深靜脈血栓，則建議避免下床活動，避免按摩下肢造成血栓進一步脫落。對於症狀嚴重，血壓持續偏低，發病時間在兩週內的患者，需要給予積極靜脈溶栓，可應用尿激酶或瑞替輔酶等藥物。一些患者血栓栓塞快較大，溶栓困難，可以急診行肺動脈栓塞取出術介入治療，可以在一定程度上改善症狀。無論急性期經過任何治療，所有患者都需要持續給予長期抗凝治療。