肺動脈栓塞根據病情的變化和進展，一般分為早期和晚期的治療。早期肺動脈栓塞時候建議積極抗凝治療，如藥物低分子肝素，利伐沙班和rt-Pa等。在抗凝基礎上可以進行外科局部血栓的抽吸和溶栓治療。那麼肺動脈栓塞後期繼發肺動脈高壓的時候，一般先進行內科保守治療以降低肺動脈壓力，緩解右心衰竭，如藥物凱時，必要的話需要進行肺動脈內膜切除，以減輕緩解肺動脈高壓。