腹主動脈瘤是血管外科最大的手術，最主要的併發症是大出血，嚴重的可以出現休克，甚至有生命危險。另外血栓脫落可以造成遠端肢體的栓塞。還有局部或者全身的感染，甚至移植物的感染。個別人會對支架移植物產生排斥反應，極少數人還有截癱、腸道血管缺血、臀大肌缺血併發症。另外還有傷口的併發症比如傷口不癒合、動脈瘤、假性動脈瘤、動靜脈瘻，介入手術還有內漏，術後復發等併發症。