形成門靜脈栓塞的原因很多，臨床上最常見的是門靜脈血栓形成和癌栓，其中是以門靜脈血栓最為常見。出現門靜脈血栓時可以考慮給予抗凝以及溶栓治療，可以選擇低分子肝素鈣以及纖溶酶。纖溶酶可以經過外周靜脈給藥，也可以經股靜脈插管至腸繫膜上靜脈持續泵入。另外對於門靜脈主幹血栓急性期，也可以考慮給予手術或者介入治療，主要是包括門靜脈切開取栓，經頸靜脈肝內門腔靜脈分流術等。門靜脈靜脈癌栓的患者可以考慮進行手術治療，包括病變癌灶切除以及癌栓取出。