治療深靜脈血栓的藥物，主要分為針對血栓的抗凝藥物以及改善肢體症狀的消腫藥物。抗凝藥物又分為口服抗凝藥物、皮下注射抗凝藥物、靜脈溶栓藥物等。口服藥物主要分為傳統口服抗凝藥：如：華法林；新型口服藥物，如：利伐沙班、達比加群等。皮下注射抗凝藥物是低分子量肝素。靜脈溶栓藥物包括：普通肝素、尿激酶、蚓激酶、阿替普酶等。消腫藥物主要為：馬慄種子提取物、羥苯磺酸鈣膠囊、地奧司明片等。