當肛周膿腫的腫脹範圍變小，膿腫表面的皮膚變得有波動感，或者疼痛減輕時，均預示著肛周膿腫有好轉的跡象。肛周膿腫是肛周感染性疾病，在出現肛周膿腫的時候，要判斷肛周膿腫是表淺的軟組織感染，還是來源於深部的肛瘻等肛周疾病。肛周膿腫如果位於表淺的軟組織，以及膿腫的深度相對較淺，經過切開引流，並配合應用引流裝置和消炎藥的使用，炎症可以很快的得到控制。
由於肛瘻引起的肛周膿腫常反覆發作，是遷延不愈的情況，對於這種肛周膿腫，即便進行了及時的切開，炎症得到控制以後傷口即便已經癒合，也可以在癒合以後不久再次出現膿腫的形成，因此當出現反覆發作的肛周膿腫，要注意是否出現了肛瘻。只有將瘻管完整切開，使新生的肉芽組織由內向外的生成，才能治癒肛瘻、治療肛周膿腫引起的一系列症狀。