沒有臨床症狀的膈下食管憩室可以定期觀察，暫時無需處理。直徑較小、臨床症狀較輕或者年齡較大、不能耐受手術的膈下食管憩室，可以選用內科保守治療，可以考慮選用質子泵抑制劑、胃黏膜保護劑、制酸劑以及促動力藥物，可以聯合也可以單獨應用，同時還要注意飲食規律，避免暴飲暴食，避免進食刺激性食物。而內科保守治療效果欠佳，反覆發作，還應當及時考慮手術，包括內鏡下或腹腔鏡手術治療。