肛瘻癌變的概率很低，肛瘻癌變在臨床上十分少見，所以患者大可不必過分緊張。肛瘻和癌沒有直接關係，肛瘻不是癌症的前期病變。肛周膿腫切開引流術或者自行破潰，膿液溢出之後，急性炎症變成慢性炎症，長期反覆感染、破潰、肉芽組織增生形成竇道，會形成內口、瘻管、外口組成的肛瘻。
肛瘻的症狀為外口反覆破潰、溢膿、溢液，可能是由於長期的炎症刺激或者瘢痕組織變異，慢性肛瘻確實有癌變的病例，但在臨床上十分少見，癌變的概率很低。這麼說並不等於肛瘻就是小毛病，就可以不重視，肛瘻的危害很明顯，特別是反覆發作的患者，單純肛瘻有可能發展為複雜肛瘻，而且儘管概率很低，畢竟還是有可能癌變。目前來講，手術治療是根治肛瘻的最可靠、最有效的方法。在診斷明確之後都要通過手術的方法進行治療，而且越早越好。