肛瘻形成後的症狀有流膿：肛門周圍總是流一些分泌物，時好時壞，反覆發作；腫痛：前期一般不疼，當膿液集成於管腔內引流不暢時，局部腫痛，當膿液流出後疼痛馬上減輕。由於肛瘻漏出一些腸液，還有糞樣物，刺激肛管周圍的皮膚，引起溼疹，形成肛周皮炎；由於皮炎，溼疹刺激引發的瘙癢也是肛瘻的一種症狀。複雜的肛瘻常有排便困難、貧血、身體消瘦等症狀。