肛瘻主要是由於肛竇腺體發炎，形成肛門直腸周圍膿腫，膿腫破潰發展而來，或肛周膿腫術後引流不暢成為外口，膿腫逐漸縮小，形成感染性管道，肛瘻一般有1個內口和1個外口，瘻管行走在肛門內外括約肌附近，常迂曲，引流不暢，而外口皮膚生長較快，從形成假性癒合。膿腫反覆發作，復發後又形成破潰，或再次切開引流而形成內口，最後形成複雜性管道，致使管壁纖維組織增生而無法自愈。肛瘻一般為化膿性感染所致，但也有少數為結核性其他特異性感染和克隆克羅恩病，潰瘍性結腸炎以及惡性腫瘤都可以導致肛瘻。