對於急性或者初發肛裂有自愈的可能，這種肛裂應以非手術治療為主，大多數患者在數週之內可以痊癒。對於保守治療無效、經久不愈，且症狀嚴重的患者，可以考慮手術治療。
急性肛裂的非手術治療安全，副作用比較少，通常作為一線治療方法，比如坐浴、服用潤腸通便藥，還可以聯合局部麻醉劑等。早期輕症的肛裂患者，可以適當增加膳食纖維和水的攝入，改善便秘的情況，養成良好的排便習慣，可以用1:5000濃度的高錳酸鉀溶液坐浴治療，起到殺菌、清潔肛門處皮膚的作用，還可以鬆弛肛門括約肌，有利於裂口的癒合。對於疼痛劇烈的患者，可以使用局部鎮痛藥，如利多卡因乳膏等，可以減輕疼痛的症狀。如果藥物保守治療無效的患者，可以採用手術治療，手術治療主要有肛裂切除術和內括約肌部分切斷術。