直腸陰道瘻不能自愈，均需手術治療且手術治療效果很好。非手術治療旨在控制結直腸或陰道內的感染，避免病情加重。
一、藥物治療
直腸陰道瘻無論是否進行手術，建議均應先進行藥物治療3~6個月，以控制局部炎症，有些患者會在此期間痊癒。常用藥物有高錳酸鉀溶液坐浴或生理鹽水沖洗局部。
二、手術治療
1、瘻管切除分層縫合術：將瘻管切除後分層縫合，可經陰道或直腸修補。優點是手術簡單，操作容易。缺點是複發率高，由於縫合時有張力，分離直腸或陰道組織不均，因此黏膜肌肉瓣缺乏充足的血液供應，導致手術效果不佳。
2、直腸移動瓣修補術：近年來多數學者認為此法對於修補低位直腸瘻應作為首選。
3、骶腹會陰手術：手術適合於生後6個月以上患兒。手術易清楚辨別恥骨直腸環，又易遊離直腸，對瘻口較高的瘻管也較容易分離剔除。
三、其他治療
對於較大糞瘻、一次性修補困難的患者，醫生可能會暫行乙狀結腸造瘻+修補。