十二指腸間質瘤一旦確診，首選治療方法是手術，因為胃腸間質瘤擴散途徑是血行轉移，術中無須淋巴結清掃。如果腫瘤為局部晚期或發生了遠處轉移，可用藥物治療，對於十二指腸間質瘤，化療的效果差，須用分子靶向治療，即甲磺酸伊馬替尼片400-600毫克/天，如果經過分子靶向治療達到了手術切除的條件，可以行手術治療。如果手術切除後出現了復發或轉移，也可以用分子靶向治療。分子靶向治療伊馬替尼治療失敗後可以口服舒尼替尼。