卵巢囊腫分為生理性囊腫和病理性囊腫，比較常見的是黃體囊腫、濾泡囊腫等。黃體囊腫是由於排卵後形成黃體，沒有及時吸收而形成囊腫。盆腔炎導致輸卵管卵巢膿腫，導致囊腫的發生。病理性囊腫比較常見的是上皮性腫瘤、生殖細胞腫瘤、卵巢性索間質腫瘤、轉移的腫瘤。以上皮性腫瘤為代表，發病原因認為是卵巢漿液性腫瘤，大多起源於輸卵管的病變，導致卵巢腫瘤的發生。上皮性腫瘤可能跟遺傳因素也有關係，比如家族性卵巢癌和乳腺癌的患者會有遺傳因素，子宮內膜異位症惡變會導致卵巢子宮內膜樣腫瘤或者透明細胞癌，持續排卵會導致卵巢上皮不斷的損傷和修復，可能會增加卵巢腫瘤的發生。