附件巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種臨床表現，當子宮內膜組織出現在附件區域，尤其是卵巢的部位，就被稱為巧克力囊腫，卵巢是最容易被異位內膜侵犯的器官，約80%的病變累及一側附件組織。異位的內膜侵犯卵巢的皮質，並在其內生長，反覆週期性出血，形成單個或多個囊腫的典型病變，稱為卵巢巧克力囊腫，兩種大小不一，直徑都在5釐米左右，呈暗褐色，如同巧克力一樣，所以被稱作巧克力囊腫。