子宮內膜異位症最常異位的病變的部位就是卵巢，如果卵巢出現的病灶通常稱之為巧克力囊腫，因為異位的子宮內膜病灶會隨著月經週期中雌孕激素的變化而出現週期性的出血，逐漸在卵巢上形成囊腫，並且囊內液往往為咖啡樣、巧克力樣的物質，所以一般我們稱之為卵巢巧克力樣囊腫。
存在巧囊一般需要通過女性的症狀、婦科內診、超聲等檢查明確診斷，如果明確診斷為巧囊，如果囊腫的直徑＞4cm，還是建議積極的手術治療，並且在術後配合藥物治療來預防復發。