子宮內膜異位症主要是盆腔的子宮內膜異位症，主要包括卵巢的子宮內膜異位囊腫，又叫卵巢的巧克力囊腫，這是最常見的盆腔的子宮內膜異位症。目前認為卵巢的巧克力囊腫、盆腔的子宮內膜異位症，是不孕症非常重要的原因，它在不孕不育症中所佔的比例，基本上已經可以達到50%，比例是相當大的。
為什麼子宮內膜異位症可以導致不孕？主要是因為卵巢的巧克力囊腫，隨著月經週期也在脫落內膜。囊內容物是黏稠的黑色巧克力樣的內容物，當囊壁發生破裂的時候，囊內容物流出來，就可以導致盆腔的粘連，導致輸卵管的粘連、輸卵管傘端粘連、卵巢的粘連，卵巢和子宮、腸管之間的粘連，就會影響卵巢的排卵和輸卵管的蠕動功能，就會影響受孕導致不孕。
所以有子宮內膜異位症的時候，有一個評分叫子宮內膜異位症EFI評分，也就是子宮內膜異位症生育指數評分。這個評分主要是根據不孕的長短、本身的年齡，還有輸卵管的情況，輸卵管傘端的粘連情況，輸卵管的粘連情況，以及卵巢的粘連情況，各種因素綜合在一起，形成子宮內膜異位症EFI評分。