子宮內膜異位症的治療方法主要有觀察、手術和藥物治療，治療方式選擇也高度個體化。如果是不孕的患者需按照不孕的流程進行不孕的檢查和生育力評估，對於復發的子宮內膜異位症、卵巢儲備功能低下，或者合併嚴重男方因素不孕，可以直接考慮試管或宮腹腔鏡聯合手術。手術後根據術中的表現和患者的情況，如年齡，可以考慮試孕一年、做人工授精或者考慮做試管嬰兒。
對於合併卵巢巧克力囊腫的患者，囊腫如果直徑在4cm以下，且不能除外生理性囊腫，可以先觀察。如果囊腫縮小或者消失，可以先暫時觀察，沒有變化或長大就建議考慮腹腔鏡手術，囊腫在4cm以上或者提示有惡性腫瘤可能性需要及時的手術。對於合併痛經的患者，如果沒有盆腔的包塊、沒有不孕症的病史，可以考慮藥物保守治療。常用藥物有非甾體類抗炎藥、口服避孕藥還有宮腔內放置左炔諾孕酮宮內釋放系統，藥物治療無效的患者也可以考慮做腹腔鏡手術。