黴菌性陰道炎很多患者都會反覆發作，這種情況在臨床上並不罕見，出現黴菌陰道炎反覆發作首先需要去除導致反覆發作誘因，比如有糖尿病需要控制好血糖，口服廣譜抗生素、雌激素或者皮質類固醇激素需要及時調整用藥。勤換內褲，用過的內褲、毛巾、臉盆都需要拿開水燙洗。在去除誘因同時可以行真菌培養和藥敏試驗，根據結果選擇抗菌藥物，抗真菌治療分為強化治療和鞏固治療，建議在強化治療達到真菌檢查陰性之後給予鞏固治療半年。
強化治療可以選擇陰道用咪康唑膠囊或者是克黴唑外用，或者口服氟康唑。鞏固治療現在沒有特別成熟的方案，建議每月規律發作者可在每次發作前預防用藥一次連續六個月，如果沒有規律發作者可採用每週用藥連續六個月。對於長期應用抗真菌藥物的患者需要查肝腎功能，預防藥物長期使用導致的肝腎功能損害出現副作用。