新生兒黃疸最有效的治療方法主要是光療，藥物只能夠起到輔助的作用。如果新生兒黃疸出現得比較早、程度比較重、進展比較快或者有可治療的病因時，需要積極治療引起黃疸的原因。同時給予積極的光療，幫助孩子快速降低膽紅素水平，避免過高的膽紅素對神經系統造成損害。藥物治療對新生兒黃疸能起到輔助治療的作用，常用的藥物有茵梔黃，屬於中藥製劑。但是會對新生兒產生副作用，如腹瀉。如果孩子日齡相對比較小，一般不建議用茵梔黃來治療黃疸。益生菌對新生兒黃疸的治療作用尚有爭議，有些研究認為益生菌對黃疸有輔助治療的作用，可以給孩子適當的嘗試，其他治療新生兒黃疸的藥物相對在臨床應用是比較少的。