無排卵型功能失調性子宮出血的病因為中樞神經系統下丘腦-垂體-卵巢軸神經內分泌調控異常，或卵巢、子宮內膜或肌層局部調控功能的異常。
一、主要病因
1、青春期黃體功能不足：青春期功血患者血E2水平在育齡婦女的正常範圍內，但無正常月經週期中期的血LH、FSH峰，提示主要病因是下丘腦-垂體對雌激素的正反饋反應異常。如果此時受到過度勞累、應激等刺激，或肥胖、胰島素抵抗等遺傳因素的影響，就可能引起功血或其他月經病，如多囊卵巢綜合徵。
2、圍絕經期黃體功能不足：此時婦女卵泡儲備低，對促性腺激素的敏感性也降低，或下丘腦-垂體對性激素正反饋調節的反應性降低，因而可先出現黃體功能不足，間斷或不規則排卵，最終排卵停止。此時卵泡仍有一定程度的發育，但緩慢、不充分，或退化不規則，不足以引起正反饋，造成孕激素水平不足或缺如而引起本病。
3、育齡期內分泌失調：可因內、外環境內某種刺激，如勞累、應激、流產、手術或疾病等引起短暫的無排卵，亦可因肥胖、多囊卵巢綜合徵、高泌乳素血癥等長期存在的因素引起持續無排卵。
二、誘發因素
1、勞累、應激、流產、手術：物理性刺激導致內分泌功能紊亂，從而導致無排卵型功能失調性子宮出血。
2、肥胖：易出現多囊卵巢綜合徵，從而導致無排卵型功能失調性子宮出血。
3、多囊卵巢綜合徵：多囊卵巢綜合徵的患者卵巢濾泡持續時間長，但不能成熟而達到排卵，使子宮內膜處於持續的雌激素刺激之下，缺乏孕酮的調節和週期性內膜脫落，導致內膜發生增生改變。