二胎胎停育最大的原因可能是胚胎的因素導致胎停育，胚胎的染色體異常是流產的主要原因。二胎的女性因為年齡一般都比一胎時的年齡要大，35歲以上的高齡產婦可能相對來說居多，這種胚胎染色體出現問題的可能性就越大，大概有50%-60%的流產，就發現都跟染色體相關，可能出現染色體異常，包括數目異常比如三體、三倍體，結構異常比如染色體缺失、斷裂，都可能會因為染色體問題導致流產。
此外，還可能跟母親的內分泌異常，比如黃體功能不全、甲狀腺功能低下、糖尿病有關，一些免疫的異常比如抗磷脂綜合徵也可能會導致流產。子宮的異常比如子宮黏膜下肌瘤和子宮內膜息肉，影響胚胎種植可能導致流產。一些情緒上的刺激，比如緊張、焦慮情緒也跟流產有關係，抽菸、過度攝取咖啡因也可能會到流產，環境上面比如一些毒物、放射線的接觸，還有化學物質的接觸，也可能會導致流產的發生。