造成稽留流產的原因常見胚胎或胎兒染色體異常，約佔流產的50%左右。母體的因素，如孕婦患有嚴重的內科疾病、心臟、慢性肝、腎病、高血壓、貧血及病毒感染，可以導致流產。生殖器官發育異常，如雙子宮、單角子宮、子宮縱隔等，或患有子宮肌瘤、子宮肌腺症、宮腔粘連，也可以影響胚胎的著床、發育而流產。
女性如內分泌異常，如黃體功能不全、高泌乳素血癥、多囊卵巢、甲狀腺功能減退、糖尿病等，也可以導致流產。女性如有吸菸、酗酒、吸毒或外傷，也可以導致流產。在免疫功能方面如磷脂抗體陽性，以及血型不合也可以導致流產。男方如精子、染色體異常，也可導致流產。總之，流產原因很多，一般有兩次胎停育流產，一定要做全面的檢查，確定流產原因並對症治療。