二價宮頸癌疫苗是預防HPV16型和HPV18型的感染，其主要的副作用有注射部位的疼痛、紅腫、局部發熱、頭疼，或者疲倦、噁心，或者肌肉的痠痛和關節的疼痛。另外有的人出現了注射的胳膊疼痛，有時胃疼等，這些反應一般持續3—5天就會自然恢復。也有的極少數的人會發生嚴重的不良反應，如出現消化道的症狀以及呼吸道的症狀，腹痛、腹瀉、呼吸困難，以及暈厥的表現。
所以在注射以後，應該在注射位置要靜坐半小時，如果沒有明顯不適時再離開。研究發現，還有嚴重的副作用如靜脈栓塞，所以不良反應罕見，二價疫苗基本上比較安全、有效。打宮頸癌疫苗前必須做宮頸癌的篩查，瞭解宮頸上皮是否有病變，陰性時才可以打宮頸癌疫苗。