卵巢早衰主要與三個原因有關：一是遺傳因素，最為常見的是X染色體異常和基因突變等。患者一般同時伴有第二性徵發育不良。二是免疫學因素，患者可能同時患有系統性紅斑狼瘡，乾燥綜合徵，類風溼關節炎等，是由於體內產生了攻擊自身組織的抗體，導致組織受損。三是全身性疾病。患有嚴重的貧血，甲狀腺疾病的患者也容易發生卵巢早衰。