治療排卵障礙的方法，主要採用藥物進行調整月經和促排卵，還取決於導致排卵障礙的原因。引起排卵障礙最常見的原因，主要包括內分泌疾病，比如多囊卵巢綜合徵、高泌乳素血癥、甲狀腺功能異常，以及卵巢功能低下等等。另外，肥胖也是導致排卵障礙最重要的原因之一。
對於不同疾病所引起的排卵障礙，治療方法並不相同，首先要治療原發病，比如多囊卵巢綜合徵、高泌乳素血癥、甲狀腺功能異常等等，都需要使用相關的藥物治療原發病。肥胖者要控制體重，必要時需要給予促排卵治療。