緊急避孕藥不會導致不孕不育，不孕不育常與服用避孕藥是無關的。無論是短效口服避孕藥還是緊急避孕藥，對卵巢功能的影響常是比較小的，絕大多數人少量的服用緊急避孕藥是不會引起不孕不育的。
因為卵巢功能減退可以有多種原因，包括精神的因素、機體、疾病、應激或者服藥的因素，都可以導致卵巢功能出現異常。然而卵巢功能異常絕大多數與自身有關係，服藥只是其當中很少的一部分。而多數的服藥與避孕藥關係不大，而多與化療藥、免疫抑制劑有關係。