小兒腸套疊的典型症狀是陣發性的腹痛、便血和腹部腫塊，被稱為腸道疊三聯症。既往肥胖的嬰兒，如果突然發生劇烈、有規律的陣發性絞痛，而且每次腹部絞痛的持續時間為15-20分鐘。由於嬰兒不能自主的描述他的症狀，出現腹痛的時候常表現為陣發性的哭鬧，可反覆發作。腸套疊發生時，跟隨小腸套入相鄰腸管內的還有小腸的系膜，而小腸繫膜內有小腸的血管，隨著腸管的蠕動，被套入的腸管會越來越多，系膜內的血管，極易受到壓迫。
當小腸出現缺血時，腸黏膜壞死、脫落以及出血，可以表現為便血，嬰兒的血便酷似果醬，所以又稱為果醬樣大便。發生腸道疊的小腸，由於是腸管套腸管，因此這段小腸偏粗、偏硬，嬰兒的肚皮比較薄，約有60%的患兒在觸摸的時候可以出摸到臘腸樣的腫塊。在實際的臨床中，僅有少數的孩子出現典型的腸道疊三聯症，大多數孩子僅有1-2個典型的症狀。