先天性肛門閉鎖術後，可能會出現後遺症，常見於以下方面：
1、肛門失禁：輕者腹瀉時有肛周汙糞，重者排便不能控制；
2、肛門狹窄：術後感染、直腸回縮，使肛門瘢痕癒合，又未能及時擴肛，可導致肛門狹窄，嚴重者繼發巨結腸；
3、瘻管復發：原有瘻管縫扎不牢靠或術後局部感染、縫線脫落等，可能導致瘻管重新開放；
4、黏膜脫垂：可能與會陰切口過大、肛門括約肌功能受損、肛門不能完全閉合有關；
5、便秘：可因手術創傷疼痛引起，術後有肛門狹窄，直腸、乙狀結腸擴張可導致便秘。