肛門閉鎖分兩種情況，一種是沒有瘻口的，一種是有瘻口的。肛門開口的正常部位即肛隱窩，沒有肛門的開口，這就是沒有瘻口的肛門閉鎖，從外觀上就可以診斷。這要根據直腸的盲端和肛隱窩的皮膚之間的距離的高低來選擇手術方式。如果肛隱窩處沒有肛門的開口，但是前方有一個小的瘻口，這就是肛門閉鎖伴有會陰瘻或者直腸舟狀窩瘻，這也是需要手術治療的。