新生兒敗血症的臨床表現多樣，多數患兒表現為反應差，精神萎靡，吃奶減少或者不吃;皮膚顏色灰暗，體溫異常（體溫過高或者體溫波動）。隨著病情加重，常出現病理性黃疸，腹脹便血；呼吸異常（急促，暫停,呻吟）;早產兒B族鏈球菌敗血症有時候主要表現為呼吸窘迫，酷似肺透明膜病。若病情未有效控制，可發展到感染性休克和多臟器功能不全，常見低血壓，腦水腫，呼吸衰竭。新生兒敗血症容易併發化膿性腦膜炎、肺炎、骨髓炎、肝膿腫等。