一般腺樣體肥大手術通常是沒有危害的，但手術無論大小都會有風險。腺樣體手術的危害最常見的是出血，還有腺樣體鄰近咽鼓管咽口，操作不當會導致損傷，引起咽鼓管功能異常。目前腺樣體手術是在內窺鏡監視下行等離子手術，術後的併發症已很少發生了，並且對於小兒的腺樣體肥大，如若臨床症狀明顯，手術治療是必要的，長期不治療會出現中耳炎、鼻竇炎、腺樣體面容，甚至可導致發育不良，會影響學習。所以如果小兒出現腺樣體肥大，建議擇期手術治療。若成人腺樣體沒有萎縮，影響睡眠等，仍需進行手術治療。