任何的藥物都有副作用。小兒鼻炎藥物的副作用，與所用的藥物關係很大，不同藥物副作用也不一樣。對於鼻炎的治療，以鼻腔局部用藥為主。根據不同鼻炎的不同症狀，全身用藥也不相同。鼻炎以鼻腔用藥為主，鼻腔減充血劑的副作用很大，除了引起藥物性鼻炎外，還對心臟及鼻黏膜損傷比較大。鼻用激素類鼻噴霧劑，局部使用全身副作用不是很大，但不同藥物所用年齡段不同，分別3歲、7歲及12歲以上才可以用。