小兒急性感染性心內膜炎的病程一般不超過6周。病程的長短，主要和治療的及時程度，個人體質免疫力，個人藥物吸收，是否有併發症等等有關係。如果早期及時發現，及時使用足夠療程，足夠劑量，敏感度高的抗生素藥物來治療，控制住感染之後，心內膜炎的病情就可以慢慢好轉。如果控制不住，那麼就需要更長的時間。如果併發性栓塞或化膿性疾病，那麼還可能需要手術，後續時間就更長了。