食慾減退的原因最常見的是消化系統疾病，消化系統負責消化、吸收，有很多器官，包括胃、小腸、結腸、肝、膽、胰的臟器。這些臟器任何一個器官出現了問題都會導致食慾減退，其中比較常見的是胃部疾病，如胃炎、胃潰瘍、胃部的腫瘤等。
這一類疾病會影響到胃的蠕動以及消化食物的功能，患者會出現食慾減退。此外，肝臟、膽囊、胰腺都很大程度上參與了食物的消化作用。這三個臟器出現了疾病也會導致食慾減退，如慢性肝炎、膽囊炎以及胰腺炎、胰腺腫瘤等，因此需要到醫院完善檢查才能明確病因。