先天性心臟病的發病機制仍然不是十分清楚，其中房間隔缺損具有一定的家族性遺傳傾向，肺動靜脈瘻可能是基因突變所導致的遺傳性疾病。其他類型的先天性心臟病，如動脈導管未閉，法洛四、五聯症，室間隔缺損，二葉主動脈瓣，主動脈縮窄，肺動脈閉鎖或狹窄，三尖瓣下移畸形，主動脈竇動脈瘤是否具有遺傳傾向，目前仍然不是很清楚。